高新技术企业认定难点如下：

1、材料描述技术水平低、性差

高新企业的认定可以说是对“研发”与“产品（服务）”相关证明材料的认定审核。所以很多企业没通过的原因大多数是研发项目和产品（服务）证明材料技术内容描述偏少、表达水平低、体现的专业性质量不高，技术体现与知识产权关联性差。在实际材料审核过程中往往会很难抓住项目、产品（服务）主要技术点，所以很难与高新八大领域去进行关联。

2、知识产权问题突出

近几年随着高新企业的普及以及政策扶持力度的加大，高新企业的申请数量也呈现逐年增长的趋势，但是知识产权问题及其突出和重要。

3、数据填报不一致

随着信息技术的发展，多部门之间的数据已经实现了相互关联，信息也更加立体化和可对比化，数据信息化也要求企业实现数据的统筹规划和规范管理。企业要申报高新技术企业认定，就要针对高新认定必要性的指标提前做好规划。同时，需要准备的材料也非常、完整。4、前期准备工作不足

高新技术企业认定工作涉及财务、技术、人力等诸多部门，很多企业会因为未能统一理解高新认定的新标准，导致部门配合不协调，资料准备不一致，拖延了申报的过程、甚至无法完成年度的申报。