公司变更股东的方式是，股东之间达成转让协议，或者由公司依法作出变更的决议或决定，然后向公司登记机关申请变更登记，之后经审核通过的，就可以发给新股东出资证明书。
【法律依据】
《中华人民共和国公司登记管理条例》第二十七条
公司申请变更登记，应当向公司登记机关提交下列文件：
（一）公司法定代表人签署的变更登记申请书；
（二）依照《公司法》作出的变更决议或者决定；
（三）行政管理总局规定要求提交的其他文件。公司变更登记事项涉及修改公司章程的，应当提交由公司法定代表人签署的修改后的公司章程或者公司章程修正案。变更登记事项依照法律、行政法规或者国务院决定规定在登记前须经批准的，还应当向公司登记机关提交有关批准文件。
第三十四条
有限责任公司变更股东的，应当自变更之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。